Z dochovaných písemných zpráv není již možné určit, kdy byla farnost založena. Její počátky můžeme zřejmě hledat v době, kdy Konici vlastnili páni z Konice. V roce 1379 Sulík z Konice panství vyměnil za Hrubčice na Hané a z městečka odchází. Do desek zemských vložil konický statek, aby tak vyplatil věno své dceři Anně, která se provdala za Ješka Kropáče z Holštejna, a v Konici si ponechal pouze patronátní právo. K roku 1379 se také dovídáme jméno konického faráře. Byl jím Adam, bratr Adličky, ženy Štěpána z Chudobína. V roce 1381 zastupoval olomoucký klášter sv. Kateřiny při sporu o plat ve Vážanech.

Duchovní správa

Duchovní správa se koncem 14. století vztahovala zřejmě na všechny osady, jež patřily ke konickému panství. Podle kupní smlouvy z 21. 1. 1386, kdy Štěpán z Holštejna prodal panství rodu pánů z Cimburka a Tovačova, k němu patřil hrad Stražiště, městečko Konice s tvrzí, dvorem a patronátním právem, vesnice Dzbel, Jesenec, Březsko, Klužínek, Ochoz, Přemyslovice s dvěma dvory, Hluchov, Reskov, Suchdol, Dešná, Kněží Lhota, Křemenec a Runářov. V letech 1436–1486 jsou jmenováni faráři Jan a Václav. V roce 1572 musel podle nařízení biskupa konický kurát Jakub, který odešel od sv. Jiří v tom roce na faru v Dědicích, zanechat svému nástupci 50 měr obilí. Kněz Jan Strakonický, farář konický, žaloval v roce 1574 Matyáše Laškovského ze Švábenic, že nevede lidi z Čunína, aby mu dali plat, jenž mu dluží za roky 1573 a 1574. Podobně žaloval pro zadržený desátek Klementa ze vsi Budětsko, probošta lanškrounského kláštera.

Další nástupci nejsou známi, protože převládlo evangelické učení, k němuž se přiklonili i koničtí páni ze Švábenic. Po potlačení povstání českých a moravských stavů nastává obrat a duchovní správa je vrácena katolickým kněžím. Zpět ke katolictví se obrací majitel panství Jan Konický ze Švábenic pravděpodobně v letech 1523–1524 a kolem roku 1525 je pro Konici ustanoven farářem Jiří Nigrinus. Po jeho rezignaci je na obě fary, konickou i bohuslavickou, investován v roce 1629 P. Jan Radnoskovský. Protože byl nemocen a dvě rozlehlé farnosti spravoval pouze s jedním kaplanem, byl žalován pro zanedbávání bohoslužeb zvláště v Bohuslavicích.

Od roku 1632, kdy byla založena první matrika, jsou zaznamenáni již všichni kněží, kteří byli na konickou faru investováni. Podle nově založené křestní matriky patřily v té době ke konické farnosti: Konice, Březsko, Ponikev, Ochoz, Maleny, Suchdol, Jesenec, Dzbel, Ladín, Dešná, Lhota a Brodek. Farnost Bohuslavice zahrnovala obec Bohuslavice, Krakovec, Rakovou, Polomí, Rakůvky, Hačky a Olbramice. Koničtí faráři spravovali také farnost Lukou, do níž náležely: Luká, Hvozd, Vojtěchov, Ludmírov, Dětkovice, Otročkov, Veselíčko, Ješov a Javoříčko. V letech 1650–1657 patřila ke Konici i farnost bouzovská. Podle křestní matriky z roku 1663 byly ke Konici přifařeny také Kladky, kde měl konický farář povinnost každoročně konat sedmnáctkrát slavné bohoslužby. Až v roce 1784 se od konické farnosti oddělila farnost kladecká, brodecká, jesenská, suchdolská a stražiská, takže v konické farnosti zůstalo 2 560 farníků.

Do roku 1754 patřila konická farnost k mohelnickému děkanství, v letech 1755–1786 k děkanství prostějovskému a v roce 1787 poprvé vykonal v Konici vizitaci děkan český (z Čech pod Kosířem).

Evangelictví a rekatolizace na Konicku

Z majitelů konického panství, kteří se všichni hlásili ke katolické víře, tvoří výjimku rytíři ze Švábenic, jež byli evangelíky. Jejich náboženské přesvědčení se projevilo také na konečné podobě konického kostela, která byla dokončena v roce 1556. I když není známa jeho přesná podoba po přestavbě, nepřímo se dovídáme, že kostel měl trojlodní dispozici, jež byla typická pro nekatolické sakrální stavby. Jindřich konický ze Švábenic ve smlouvě z 1. května 1618 mezi ním a jeho dvěma bratry Kryštofem a Janem řeší mimo jiných záležitostí také náboženskou otázku. Nařizuje měšťanům v Konici, že mají mít na faře evangelického faráře augšpurského vyznání, který bude podávat podobojí. Ustanovuje, že koničtí poddaní nemají svému pánu slíbit poslušnost, dokud on jim nepotvrdí jejich privilegia – hlavně v náboženské oblasti. Kostel v Konici byl v letech 1573–1624 evangelický. Z roku 1580 je znám evangelický pastor Laetus. Katolíci z Konice museli chodit na bohoslužby do Laškova a do Přemyslovic. Mezi obyvatele evangelického vyznání patřil v tomto období také mlynář z Křemence, který ve své závěti učinil odkaz evangelickému sboru.

Stavovského odboje proti Ferdinandu II. Habsburskému se zúčastnil také Jan Švábenský ze Švábenic a na Konici, majitel konického panství, a jeho bratr Kryštof, který vlastnil jesenské panství. Po bitvě na Bílé Hoře byl za účast na vzpouře Jan v letech 1623–1624 potrestán konfiskací čtvrtiny konického panství. Po zaplacení pokuty 1 000 zlatých mu byla konfiskovaná část panství navrácena. Pravděpodobně v roce 1624 povolal do Konice na misie jezuitského kněze z Olomouce. Ke katolické víře Jan manifestačně přestoupil se svou manželkou, třemi šlechtici a 16 poddanými. Za katolického faráře byl v Konici investován Ondřej Kasubius, po něm nastoupil jako farář 21. dubna 1638 Šimon Karásek. Matrika křtů byla vedena, patrně s rekatolizačním úsilím, na konické faře od roku 1632, matrika zemřelých od roku 1663.

Koupě konického panství Janem Jiřím Hoffmannem, rytířem z Kochersbergu v roce 1685 i jeho další činnost v Konici byly vedeny úsilím o duchovní prohloubení rekatolizace. Jako bývalý důstojník v císařských službách si do Konice dovezl z tureckých válek tři turecké zajatce, jež byli v Konici pokřtěni. Na poděkování Bohu za šťastný návrat z těchto válek nechal v Konici při kostele vybudovat v roce 1688 kapli Nejsvětější Trojice a v roce 1690 byla ke kostelu přistavěna jeho zásluhou i kaple Bolestné Panny Marie. Založení bratrstva Nejsvětější Trojice a počátek tradice hojně navštěvovaných poutí o svátku Nejsvětější Trojice v Konici je vrcholem Hoffmannových snah o šíření baroka a dovršení rekatolizace na Konicku.