Hlavní oltář byl původně zděný, mensu tvořil velký pískovcový kámen prodloužený na obou bocích kamennými trámci. Oltář byl konsekrován a ostatky svatých byly uloženy v tomto kameni. Od roku 1834 na něm byl dřevěný kopulový tabernakl, po jehož stranách stály na podstavcích sochy dvou adorujících andělů. V roce 1901 byl v kostele instalován nový mramorový hlavní oltář, jenž byl zhotoven kroměřížským akademickým sochařem Ferdinandem Neumannem a financován Valentinem a Rosalií Kreplovými, měšťany a majiteli pekařství v Kroměříži. Horní část oltáře s tabernaklem, dvěma adorujícími anděly, lavičky pod svícny a rovněž menza jsou zhotoveny z kararského mramoru, částečně ze zeleného serpentinu tyrolského a červeného mramoru veronského. Tři schody a antependium jsou vyrobeny z mramoru slezského. Altare portatile s ostatky sv. Severina a sv. Fortunata konsekroval 25. ledna 1901 Dr. Theodor Kohn, arcibiskup olomoucký. Hlavní oltář byl posvěcen 5. července 1901 děkanem českým Tomášem Poláchem. Za oltářem je umístěn obraz Narození Panny Marie, který maloval v roce 1869 profesor olomouckého reálného gymnázia František Bsirski. Dva mramorové boční oltáře byly zakoupeny děkanem P. Františkem Vodičkou v roce 1878 z farního kostela sv. Jakuba v Brně. Jsou sedm metrů vysoké, kromě spodního stolu, jenž je zděný a obložený mramorovými pláty, jsou celé mramorové. Ostatky svatých mučedníků, jež byly konsekrovány olomouckým světícím biskupem Janem Karlem Leopoldem von Scherffenbergem v roce 1752 a uloženy v mensách původních zděných oltářů, byly umístěny v mensách nově pořízených oltářů.

Kazatelna, téměř se dotýkající klenby kostela, přiléhá k triumfálnímu oblouku v evangelní části kostelní lodi. Byla vytvořena v letech 1675–1676 Michaelem Zürnem. Společně s ním se na jejím zhotovení podílel jeho bratr David Zürn starší a původem saský řezbář Michael Schuher.138 Z premonstrátského konventního kostela na Hradisku byla transferována do Konice pravděpodobně v roce 1721. Obě části kazatelny, řečniště a střecha se dvěma římsami, jsou bohatě zdobeny. U paty nosných sloupů stojí alegorická socha Moudrosti. Řečniště je ozdobeno sochami apoštola Tomáše, Pavla, Bartoloměje, Petra a Judy. Na spodní římse střechy kazatelny jsou umístěny sochy čtyř evangelistů a přesně nad nimi na horní římse stojí čtyři andělé s pozouny. Na vrcholu kazatelny je socha Krista Dobrého pastýře. Roucha soch, jehňátko, trumpety andělů, hlavice sloupů, lišty, římsa a rovněž různé ornamenty jsou pozlacené. Sochy jsou polychromované, vyrobené z lipového dřeva. Architektura kazatelny je ze smrkového a ořechového dřeva, ornamenty z dřeva lipového. Dřevo je namořeno tmavohnědě a tím vytváří působivý protiklad k pozlaceným plochám. Restaurace kazatelny, která byla nutná především z důvodu silného narušení dřevokazem, trvala od roku 1963 až do roku 1983. Nezvykle dlouhé trvání průběhu restaurátorských prací bylo způsobeno nesnadným získáváním zlata na pozlacení ornamentů a soch, ale také nemocí a liknavostí brněnského restaurátora Bartla. Obrazy křížové cesty byly pořízeny v roce 1876. Maloval je na plátně akademický malíř František Tocháček z Olomouce pod vedením profesora biblických studií na fakultě ThDr. Melchiora Mlčocha. Světil je 17. září 1876 P. Mauritius Šrutka, kvardián kapucínů v Olomouci.

Varhany byly postaveny v roce 1675 opavským varhanářem Jakubem Reschartem. Kolem roku 1704 byly z konventního kostela na Hradisku přemístěny do Konice. Na přelomu července a srpna 1881 byly Karlem Neusserem, varhanářem z Nového Jičína, zbudovány nové varhany se dvěma manuály a 13 rejstříky. Děkanem Františkem Vodičkou byly v neděli 14. srpna 1881 posvěceny. V roce 1921 byly zakoupeny místo cínových píšťal nové a varhany byly naladěny. V únoru 1970 proběhla tovární kolaudace nových varhan, jíž se zúčastnil podle přání konického děkana P. Františka Škody také prof. Antonín Schindler z Olomouce. V dubnu byly varhany převezeny z krnovské varhanářské dílny Františka Riegera do Konice. V neděli 10. května 1970 byly nové varhany požehnány a odpoledne se konal v kostele varhanní koncert. V roce 2002 prošly varhany generální opravou, která trvala čtvrt roku. Varhany byly předělány z pneumatické soustavy na elektropneumatickou. Rekonstruované varhany byly benedikovány biskupem Josefem Hrdličkou 7. září 2002.