Kaple Nejsvětější Trojice byla přistavěna k lodi kostela z jižní strany v roce 1688. Má obdélníkový půdorys o šířce 945 cm a délce 840 cm. Podle přání stavebníka měla být přistavěna ke kostelu stejným způsobem jako kaple s hrobem sv. Jana Sarkandera při olomouckém farním kostele Panny Marie na Předhradí. Na kladí kamenného vstupního portálu je v rytém latinském nápisu s chronogramem zmíněno patrocinium kaple a její stavebník: PERPETVO HONORI DEI PATRIS ET FILII ET SPIRITVS SANCTI IOANNES GEORGIVS AB HOFFMANN PIE EREXIT. Kaple je zaklenuta kopulí, jejíž vrchol se otevírá do prosklené lucerny. Interiér je osvětlován dvěma obloukovými okny na západní a jižní straně. Okno na východní straně bylo zazděno při stavbě nové sakristie v roce 1839. Kopuli zdobí raně barokní freska rozčleněná do šesti polí propojených nápisem na mluvících páscích nesených anděly. V polích jsou vyobrazeni někteří mučedníci, patriarchové, proroci, apoštolové, evangelisté, církevní učitelé, vyznavači a také panny oslavující Nejsvětější Trojici. V prvním poli nad oltářem Nejsvětější Trojice je Neposkvrněná s aureolou zářících hvězd. V kryptě pod kaplí byla pohřbena první manželka Hoffmannova Johana Františka, rozená z Leichensternu, která zemřela 20. září 1694, a později také majitel konického panství Jan Jiří Hoffmann, rytíř z Kochersbergu, jenž zemřel v roce 1697. Stropní freska byla nepříliš šťastně renovována v letech 1974–1976 Františkem Šubrtem z Prahy.151 V letech 2006–2008 odvedla kvalitní restaurátorskou práci figurálních maleb Zdenka Kafková a Antoineta Temenugová, akademická malířka restaurátorka.

K severní straně lodi kostela byla v roce 1690 symetricky přistavěna boční kaple Bolestné Panny Marie o rozměrech 965 x 800 cm. Okolnosti jejího vzniku dokládá latinský nápis s chronogramem vytesaným do kladí kamenného portálu, osazeného na západní straně kaple: HONORI DOLOROSAE FILIAE DEI PATRIS GENITRICIS FILLI SPONSAE SPIRITVS SANCTI PARACLETI TOTIVSQVE S(ANCTIS)S(IMAE) TRINITATIS TABERNACVLI IOANNES GEORGIVS AB HOFFMANN EREXIT. Kaple je zaklenuta vysokou klášterní klenbou, zdobenou figurálními a ornamentálními štukami severoitalského sochaře Baldasara Fontany. Do kápí klenby jsou vkomponovány čtyři oválné medailony s reliéfy andělů, jež jsou provázeny symboly Kristova utrpení: varaikonem, prutem, žebříkem a sloupem s holubicí. Pod okno na severní stěnu kale je umístěna figurální kompozice náhrobku znázorňující stavebníka Jana Jiřího Hoffmanna, rytíře z Kochersbergu, která vznikla patrně v souvislosti se štukovou výzdobou klenby kaple kolem roku 1703. Kompozice je tvořena tumbou, na níž klečí figura muže se sepjatýma rukama. Dříve kompozici doplňoval nápis, jenž je v nepůvodní formě citován na stěně vedle náhrobku: Na Konici jsem si nezakládal a smrti se neobávám.

Věž prošla v roce 1691 vnitřní přestavbou, kterou Jan Jiří Hoffmann uskutečnil jako poslední stavební úpravu farního kostela. V jejím patře byla vybudována trezorová místnost, určená k ochraně cenností a kapitálu rozrůstajícího se bratrstva Nejsvětější Trojice. V horní části věže se projevují tři stavební fáze. Nejstarší zřejmě souvisí s renesanční přestavbou kostela v roce 1556. V poslední třetině 17. století byla věž upravována a opatřena novou fasádou. Při barokní úpravě lodi na počátku 18. století byla věž podstatně zvýšena. Dne 15. července 1704 byla ze staré věže konventního kostela na Hradisku, která byla stavebně dokončena teprve v roce 1666, sejmuta cibulová báň. Po rozebrání byla transferována do Konice a osazena na věž zdejšího farního kostela. Malý hodinový cimbál, určený k odbíjení hodinových čtvrtí, byl na věž umístěn patrně současně s přenesením cibulové báně. Největší zvon o hmotnosti osm centnýřů byl ulit v roce 1650. V roce 1791 jej přelil olomoucký zvonař Antonín Obleter, tím vzrostla i jeho hmotnost na 13 centnýřů. V roce 1720 byl ke cti Nejsvětější Trojice pořízen střední zvon o hmotnosti čtyři centnýře, jež pocházel z dílny olomouckého zvonaře Jiřího Františka Reimera. Přelit byl v roce 1836. Třetí zvon o hmotnosti dva centnýře, který zhotovil v roce 1737 olomoucký zvonař Olaus Öberg, byl rovněž dedikován Nejsvětější Trojici. Padesátiliberní umíráček s reliéfy sv. Josefa a sv. Floriána byl zhotoven v roce 1770 dílnou olomouckého zvonaře Wolfganga Strausse. Žádný z těchto zvonů se nedochoval, protože všechny byly 30. září 1916 zrekvírovány. Zůstal pouze malý dvacetiliberní zvon ve vížce, kterým se zvonilo při proměňování. Nové zvony byly zakoupeny teprve v roce 1921. Posvětil je arcibiskup ThDr. Antonín Cyril Stojan 10. prosince 1921 a následujícího dne udělil v Konici 468 biřmovancům svátost biřmování.

V letech 1955–1956 byla provedena generální oprava věže, během níž byly na věž instalovány elektrické hodiny. V závěru opravy byl na hlavní věž umístěn nový římský dvojramenný kříž vysoký 300 cm a široký 142 cm a pozlacená makovice o průměru 60 cm. Rovněž sanktusník a lucerna nad kaplí Nejsvětější Trojice byly opatřeny novými dvojramennými kříži, nová pozlacená makovice byla umístěna také na kapli Nejsvětější Trojice, na sanktusníku byla makovice nově pozlacena.

Ve farním kostele Narození Panny Marie se dochovalo do současnosti pět náhrobníků příslušníků rodu rytířů ze Švábenic. Krypta konického kostela byla jejich rodovým pohřebištěm a je zřejmé, že poslední odpočinek zde nalezlo mnohem více členů rodu, než se dochovalo náhrobníků. Podle zprávy z počátku 20. století bylo dříve vidět zamřížovaným okénkem do hrobky pod kostelem, kde bylo možno spatřit několik rakví. U vchodu do krypty byla kamenná plotna s rodovým znakem rozletitých střel. Při přestavbě kostela byla hrobka zasypána. Současné rozmístění náhrobníků v kostele neodpovídá původnímu stavu a je záležitostí pozdějších přestaveb kostela, Zdá se, že náhrobníky byly přemisťovány dokonce několikrát. Původně byly náhrobníky umístěny všechny v presbytáři, později byly dva z nich přemístěny do přistavěné kaple Bolestné Panny Marie a dva zastrčeny dozadu pod kůr. Roku 1967 byly i tyto přemístěny do uvedené kaple. Nejstarší náhrobník je vsazen do výklenku za hlavním oltářem. Je z červenavého mramoru a patří Václavovi ze Švábenic, který zemřel ve velmi mladém věku v sobotu 19. prosince 1523. Na horních dvou třetinách obdélníkového úzkého náhrobníku spatřujeme klečícího a modlícího se chlapce, v dolní třetině pak švábenický erb – rozletité střely. Po obvodu je vytesán nápis: LETA M CCCCC XXIII SOBOTU POSVATI LUCII UMRZEL GEST WAZLAW SIN PANA KARLA KONICZKIHO UROZENE WLADI(KA) ZE SVABENIZ A NA KONICI PROSTE PANA BO(HA) ZANI. Na pásce vedle klečícího chlapce je možné číst nápis: BOZE SMYLUY SENADNI(M). Druhý náhrobník, který můžeme v kostele vidět, patří Zdeňkovi Konickému ze Švábenic, který zemřel v sobotu 26. února 1547. Další náhrobek přísluší dceři Zdeňka Konického ze Švábenic Aleně Konické ze Švábenic, jež zemřela v pondělí 2. dubna 1554. Náhrobník nemá tak hodnotnou výzdobu jako ostatní. Na rozdíl od zbývajících náhrobků je vyroben z bílého mramoru. Předposlední dochovaný náhrobník náleží Jindřichovi Konickému ze Švábenic a na Konici, který zemřel v neděli 20. července 1572. Nejmladší náhrobník rodu rytířů ze Švábenic patří Václavovi Konickému ze Švábenic a na Konici, jenž zemřel 23. ledna 1607.